Gegenstand der Programmakkreditierung sind Bachelor- und Masterstudiengänge. Hat ein Studiengang ein Akkreditierungsverfahren erfolgreich durchlaufen, erhält er eine befristete Akkreditierung mit oder ohne Auflagen und trägt für den Zeitraum seiner Akkreditierung das Qualitätssiegel der Stiftung. Sofern Studiengänge in einem sinnvollen und begründeten Zusammenhang stehen, kann die Akkreditierung auch im Rahmen eines gebündelten Verfahrens durchgeführt werden (sog. Cluster-Akkreditierung); gleichwohl bezieht sich die Akkreditierungsentscheidung aber stets auf den einzelnen Studiengang.
Das Akkreditierungsverfahren ist ein mehrstufiges Verfahren, das auf dem Prinzip des Peer-Review beruht. Die Gutachtergruppe setzt sich jeweils zusammen aus Vertreterinnen bzw. Vertretern der Hochschulen – also Lehrenden und Studierenden – und aus Vertreterinnen bzw. Vertretern der Berufspraxis. Die Begutachtung des Studiengangs erfolgt unter Berücksichtigung der vom Akkreditierungsrat vorgegebenen Regeln für die Akkreditierung von Studiengängen und für die Systemakkreditierung und beinhaltet in der Regel einen Vor-Ort-Besuch der Gutachter. Auf der Grundlage eines Prüfberichts der Agentur zu formalen Kriterien sowie einem Begutachtungsbericht der Gutachtergruppe zu inhaltlichen Kriterien trifft der Akkreditierungsrat eine Akkreditierung des betreffenden Studiengangs, eine Akkreditierung mit Auflagen, eine Aussetzung des Verfahrens oder eine Versagung der Akkreditierung.